מתמטיקה ומדעי הטבע

קיצור זמן הריצה של סימולציות MD ע''י שינוי קצב הכנסת הגאוסיאנים במטאדינמיקה

תקציר

מטאדינאמיקה (Metadynamics) היא שיטה שמטרתה האצת זמן הריצה של סימולציות MD (Molecular Dynamics). בשיטה זו, מוסיפים למרחב האנרגיה של המערכת כוח שתפקידו "לדחוף" את המערכת כדי שתעבור את מחסום האנרגיה שלה. בשיטה הקיימת כיום, מכניסים את הגאוסיאנים בקצב קבוע. השערת המחקר בודקת האם הכנסת הגאוסיאנים בקצב אחר יקצר את זמן הריצה של הסימולציה. יש לנו אינטרס לקצר את זמן הריצה מכיוון שהסימולציות מאפשרות לנו לחקור מגוון של נושאים כגון: חקר של חומרים מולקולריים וניתוח של מצבים תרמודינמיים. בניסוי, השוונו בין השיטה הקיימת כיום, לבין השיטה שאנחנו פיתחנו שבה מכניסים את הגאוסיאנים במרווחים שמתפלגים מעריכית ובדקנו את הזמן שלוקח לכל סימולציה לעבור את מחסום האנרגיה. התוצאות מראות שכאשר אנחנו משתמשים בהתפלגות המעריכית להכנסת הגאוסיאנים, זמן הריצה של הסימולציות קטן ב-16.5%.

לפרוייקט הבא
גלעד קוצר
עירוני ה' תל אביב
מורים מלווים
גב' מירית בראשי, תוכנית אלפא
מנחים
מר שגיא מאיר, אוניברסיטת תל אביב
מנחים מטעם התחרות
מר דותן הלוי
מוזיאון המדע על שם בלומפילד ירושלים, כל הזכויות שמורות, 2021
Site by STREETLIGHT